Les pêcheurs péruviens ont remarqué depuis des siècles que, certaines années, au moment de Noël, les eaux de surface sont plus chaudes que la normale. Cette accumulation d'eaux chaudes perturbe considérablement leurs activités ; elle influe sur l'écosystème local, entraînant une raréfaction brutale des espèces marines. Mais catastrophes naturelles, sécheresses, inondations, ou encore cyclones tropicaux sont d'autres événements associées à ce phénomène baptisé El Niño (" l'enfant Jésus ").
Dans le Pacifique tropical, circulation océanique et circulation atmosphérique sont étroitement liées, chacune réagissant rapidement aux fluctuations de l'autre.
En temps normal
- Les alizés, ces vents qui soufflent d'est en ouest, repoussent les eaux de surface du Pacifique vers l'Australie et les Philippines, créant à l'ouest du Pacifique un réservoir d'eau chaude - zone rouge sur le schéma - où la température et le niveau de mer sont plus élevés qu'à l'est du bassin.
- En traversant l'océan, ces vents se chargent d'humidité, qu'ils libèrent sous forme de fortes pluies sur ce réservoir d'eau chaude.
- A l'autre extrémité, le long des côtes du Chili et du Pérou, des eaux froides, riches en sels nutritifs, remontent à la surface (phénomène appelé "upwelling") et favorisent, entre autres, la multiplication des anchois.
Lorsqu'El Niño se réveille
- Des vents d'ouest apparaissent à l'extrémité ouest du bassin et repoussent le réservoir d'eau chaude vers le centre du Pacifique équatorial. Les alizés s'affaiblissent, voire disparaissent.
- La zone des précipitations et des cyclones se déplacent également vers l'est, provoquant des pluies abondantes sur les îles du centre du Pacifique, puis de nombreuses inondations sur la côte ouest de l'Amérique du Sud.
- La thermocline se redresse. Les eaux froides ne peuvent plus remonter le long des côtes du Chili et du Pérou (absence d' "upwelling"). Les eaux restent chaudes et avec la disparition des sels nutritifs, les espèces marines se raréfient brutalement.
En situation la Niña
- Il y a renforcement des alizés qui, en réduisant le réservoir d'eau chaude, créent des conditions plus froides que la normale dans le Pacifique Tropical. Le climat est plus sec au large des côtes américaines.
- La zone des précipitations se positionne plus à l'ouest, avec des pluies abondantes sur l'Indonésie.
- Il y a intensification de l'upwelling le long de la côte ouest de l'Amérique du Sud; les anchois prolifèrent.
Océan 
