L'histoire, selon l'un de ses principaux protagoniste, Michel Lefebvre, commence en 1969, au congrès de Williamstown, où l'altimétrie spatiale a, pour la première fois, été évoquée comme une possibilité intéressante, et techniquement faisable. On aurait pu, à vrai dire, la faire débuter plus tôt, avec le premier homme prenant un bateau et essayant de comprendre l'océan sur lequel il flotte ; ou bien avec Benjamin Franklin, en 1777, localisant le Gulf Stream sur une carte marine ; ou encore avec le Challenger et la première campagne océanographique de mesure ; avec la première année géophysique international et la coïncidence avec le lancement de Spoutnik, en 1957 ; ou, plus tard avec Skylab et Geos3, premiers satellites à embarquer un altimètre dans les années 1970 ; ou enfin avec Seasat en 1978, le premier satellite dont les résultats seront réellement exploitables -- et exploités...
En 1981, l'altimètre Poséidon est soumis au Cnes avec une proposition d'embarquement sur le premier Spot. À la Nasa, dans le même temps, on souhaite continuer le succès de Seasat, en proposant Topex (Topography Experiment). Aucune des deux agences n'ayant cependant les budgets pour ce genre de projet. Dès 1983, un rapprochement des deux projets est à l'étude.
En 1987, le Cnes et la Nasa s'associent officiellement pour un projet commun embarquant des instruments français et américains, sur une plateforme américaine, lancé par une fusée européenne (Ariane 4) : Topex/Poséidon est né.

En 1994, Topex/Poséidon observe son premier "El Niño". Ceci était attendu : Geosat avait déjà permis de voir l'épisode de 1987 (mais ses données étaient classifiées à l'époque). Là, on pouvait observer le phénomène se dérouler au fur et à mesure.
Les premières données "à valeur ajoutée" Aviso sont également produites facilitant l'accès à une large communauté d'utilisateurs. De 35 utilisateurs, membres du groupe scientifique, on passe à plus de 100 équipes de recherche recevant des données altimétriques Aviso (environ 700 aujourd'hui).
Aviso ouvre son site web ("l'ancêtre" de celui que vous consultez aujourd'hui) également en 1994, afin de mieux informer les utilisateurs de ses données.

1995 marque une nouvelle étape : Topex/Poséidon atteint sa durée de vie nominale de 3 ans (qu'il excèdera finalement de 10 ans !) et les tout premiers résultats scientifiques sont publiés. De plus Mercator, projet d'océanographie opérationnelle d'initiative francaise, est proposé cette année-là, avec les données altimétriques comme source nécessaire pour la qualité des prévisions.

En 1996 commence le premier retraitement des données Topex/Poséidon. Les améliorations apportées, issues de la collaboration des équipes du groupe scientifique (SWT) permettent d'améliorer notablement la qualité des données. Une précision de 2 à 3 cm est alors atteinte (contre 13 cm spécifiés avant le lancement). On arrive ainsi à une précision équivalente à mesurer la longueur d'un stade de football au micron près.
ERS-2, lancé l'année précédente livre ses premières données. À l'aide de celles-ci (et des données ERS-1), Aviso se lance dans le "multi-mission", c'est à dire l'intercalibration des satellites entre eux (avec Topex/Poséidon, mission dédiée à l'océan comme référence). On obtient ainsi une résolution plus fine sur la circulation océanique, en particulier sur les tourbillons.

Outre la poursuite du El Niño "du siècle", 1998 voit l'arrivée des premières données grillées Aviso, qui remportent un succès immédiat. Leur avantage réside, bien sûr dans la présentation des données sous forme de "grille" régulièrement espacées, mais aussi dans le fait que ces données sont "multi-missions" (aujourd'hui distribuées sous la gamme "Ssalto/Duacs"), combinant les mesures de plusieurs satellites.
GFO (Geosat Follow-on) est lancé en février par l'US Navy, pour prolonger la mission Geosat (1986-1990).
En cette année de l'océan, Godae (Global Ocean data assimilation experiment), programme international d'océanographie opérationnelle commence. Ce programme a pour but de mettre en place un véritable système intégré d'observation et de prévision de l'océan, et de démontrer l'intérêt de maintenir un tel système sur le long terme.

En 2000 se met en place le plan de calibration et validation (Calval) de Jason-1. Topex/Poséidon y tient une place non négligeable puisque, durant 6 mois au moins, les deux satellites vont se suivre (à 1 minute d'écart) et mesurer du coup pratiquement la même chose.
Dans le paysage de l'océanographie opérationnelle, Godae entre dans sa phase de développement et de test de ses composantes.

2001 est une année faste, avec en début d'année, la concrétisation du projet Mercator par le 1er bulletin (sur l'Atlantique Nord et Tropical au 1/3°) le 17 janvier ;
Le 7 décembre, c'est le lancement du successeur de Topex/Poséidon, Jason-1, qui assure la continuité tant attendue de la mission, et marque le début de l'altimétrie "opérationnelle" avec des données livrées 3 h (OSDR) et 2 jours (IGDR) après la mesure.

2003 est l'année de l'interactivité, avec l'ouverture du LAS (Live Access Server) et de l'Opendap Aviso, qui permettent de tracer des cartes et courbes, et de récupérer les données interactivement. Les données Topex/Poséidon, ainsi que les données combinant plusieurs satellites y sont accessibles.
Par ailleurs, la phase de démonstration de Godae commence : les différents centres fournissent, de façon concertée, des produits à la communauté des utilisateurs.

Avec le calcul, à partir de données altimétriques, in situ et du satellite Grace d'une topographie dynamique moyenne précise, l'accès au courant total, et non plus à ses "seules" variations devient possible. Les produits ADT (Absolute Dynamic Topography) et MADT (Maps of ADT), respectivement le long de la trace et grillés, désormais distribués par Aviso, offrent cette vision sur la dynamique océanique.

Topex/Poséidon connaît une défaillance d'une de ses roues d'inertie début octobre. Malgré de nombreuses tentatives, les ingénieurs du JPL (Nasa) ne parviennent pas à le rétablir.
La vie de ses mesures se poursuit cependant, avec des retraitements des données Jason-1 mais aussi Topex/Poséidon et Envisat qui commencent, afin d'obtenir un jeu de données de la meilleure qualité possible sur la plus longue période. Ces retraitements intègrent les modèles et les corrections les plus à jour.
Le 14 octobre, Mercator sortait son 1^er bulletin global au 1/4° qui décrit les courants, la température et la salinité de l'ensemble des océans du globe, de la surface au fond et avec 15 jours d'avance.