L'Amazone, plus grand système fluvial du monde, est assez mal connu, car il est en grande partie inaccessible, surtout dans sa partie amont. Si ce fleuve est loin d'être partout aussi large qu'à son embouchure, les surfaces inondées, qui réfléchissent bien l'onde radar de l'altimètre sont assez importantes pour permettre une surveillance par les satellites altimétriques. Les variations de niveau, les zones d'inondation permanentes ou temporaires, etc. peuvent ainsi être observées, et intégrées dans des modèles hydrologiques, pour une meilleure gestion de l'eau et des risques naturels dans la région.
De plus en plus, les applications de l'altimétrie sont développées en dehors de la pleine mer, sur les lacs, les fleuves et même sur des surfaces planes (déserts...). Elles nécessitent des traitements particuliers des données, pour prendre en compte des surfaces autres que l'océan.